El Hospital Clínico, obra de Manuel Sánchez Arcas y Eduardo Torroja, terminado de construir en 1936, durante la Guerra Civil se convirtió en un improvisado frente de batalla, disputándose en su interior uno de los momentos más sangrientos de la batalla de Madrid, puesto que se luchó planta por planta, y habitación por habitación. Totalmente devastado, tuvo que ser reconstruido entre 1941 y 1946.
Igual ocurrió con la Ciudad Universitaria, proyectada para que las Facultades abandonaran el viejo emplazamiento de la calle de San Bernardo. Estaba casi finalizada cuando estalló la guerra, y los distintos edificios sirvieron de trincheras y fortines en la resistencia a los ataques del ejército franquista. Fue prácticamente arrasada y hubo también después que reedificarla.
Toda la zona fue ampliamente castigada durante la contienda. No hubo muchos miramientos por parte de franco en bombardear impunemente con la aviación y la artillería a una población indefensa del barrio de Argüelles