La capilla del Cristo de San Ginés se construyó hacia 1651 aneja al templo principal de San Ginés en la calle del Arenal. Al mismo tiempo se debió renovar y agrandar la cripta bajo todo el subsuelo, que se destinó a enterramientos y a ejercicios penitenciales, que sabemos tenían lugar los viernes y especialmente los de Cuaresma. Allí, los hermanos, mientras rezaban oraciones comunitarias, se disciplinaban para castigar sus cuerpos en el rigor cuaresmal, prácticas que terminaron en los comienzos del siglo XIX